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Chargé de Recherche Inria

CR Inria depuis 2016. J’ai obtenu une thèse en Santé publique option Biostatistiques à l’université de Bordeaux en 2013 sur le « monitoring des patients infectés par le VIH ». Avant cela, je suis ingénieur en statistiques de l’ENSAI et possède un master en statistiques mathématiques et économétrie. Suite à ma thèse, j’ai effectué un court séjour postdoctoral à l’université d’Oslo (Norvège), puis un postdoctorat de 2 ans 1/2 à l’école de santé publique d’Harvard (Boston, USA). 

 

CR INRIA since 2016. I got a PhD in Public Health option Biostatistics at the University of Bordeaux in 2013 on the « monitoring of patients infected with HIV. » Before that, I‘m a engineer in statistics  from ENSAI  and have a master degree in mathematical statistics and econometrics. Following my thesis, I conducted a short postdoctoral stay at the University of Oslo (Norway), then I was a postdoctoral fellow for 2 1/2 years at Harvard School of Public Health (Boston, USA).
 

Ma recherche porte sur le développement de méthodes statistiques pour le traitement et la prévention des maladies infectieuses. La plupart de mes applications se concentrent sur la transmissions de maladies sexuellement transmissibles, en partculier le VIH. Cependant, les méthodes que nous développons sont génériques dans le sens où elles peuvent être appliqués à d’autres domaines que la médecine et diverses préoccupations médicales. Au cours de ma thèse, je me suis spécialisée dans la modélisation mécaniste basée sur les équations différentielles ordinaires (ODE), puis au cours de mes postdocs nous avons proposé des méthodes d’inférence d’effet de traitements ou d’interventions basées sur la théorie de la causalité en utilisant des statistiques semi-paramétriques. Dans les deux expériences, une fois que le problème statistique a été modélisé, nous nous sommes concentrés sur l’optimisation. D’une part, pour proposer une approache de traitement personnalisée en se basant sur la théorie du contrôle et d’autre part pour améliorer la conception et l’analyse d’essais d’interventions en utilisant les méthodes de réseaux.

My research focuses on the development of statistical methods for treatment and prevention of infectious diseases. I draw motivation for the methods from example in sexually transmitted diseases such as HIV. The methods we develop are generic in the sense that they can be applied to other fields than medicine and various medical concerns. During my PhD, I specialized in mechanistic modeling based on Ordinary Differential Equations (ODE) then during my postdoctoral positions we proposed methods to inference a treatment or intervention effect based on causality theory using semi-parametric statistics. In both experiences, once the statistical problem has been modeled, we focus on optimization, to say the treatment delivery and personalization based on control theory and the design or analysis of intervention trials using network sciences.

 

 

 

 

 

LOGICIELS

  • NIMROD Un programme pour l’inférence via l’approximation normale de l’a posteriori dans des modèles basés sur des équations différentielles ordinaires avec des effets aléatoires. Disponible sur un site web dédié
  • R package marqLevAlg qui implement l’algorithme de Marquardt-Levenberg pour l’optimisation de fonctions. Disponible sur le  CRAN.
  • R package CRTgeeDR qui implement une estimateur GEE augmenté doublement robuste pour l’analyse d’essai randomisés en clusters avec données manquantes informatives. Disponible sur le CRAN.

CONTRIBUTION MAJEURES

  • Prague M., Wang R., Stephens A., Tchetgen Tchetgen E, DeGruttola V. Accounting for interference variables using semi-parametric augmentation for improving efficiency in clustered randomized trials with missing at random outcomes. (2016) Biometrics (IF=1.83), in press. (link)

  • Prague M., Gran JM., Thiébaut R., Aalen A., Commenges D. Dynamic versus marginal structural models for estimating the effect of HAART on CD4 in observational studies: application to the Aquitaine Cohort study and the Swiss HIV Cohort Study. (2016) Biometrics (IF=1.83), in press.  (link)

  • Thiébaut R., Drylewicz J., Prague M., Lacabaratz C., Beq S., Crough T., Sekaly R.P., Lederman M.M., Sereti I., Commenges D., Levy Y. Quantifying and Predicting the Effect of exogenous Interleukin-7 on CD4+T cells in HIV-1 Infection. (2015) PLOS comp. Biol. (IF=4.87) online. (link)

  • Prague M., Commenges D. and Thiébaut R. Dynamical models of biomarkers and clinical progression for personalized medicine: the HIV context. (2013) Advanced Drug Delivery Review (IF=11.5) 65(7) 954–965. (link)

  • Prague M., Commenges D., Drylewicz J., Thiébaut R. Treatment monitoring of HIV infected patients based on mechanistic models. (2012) Biometrics (IF=1.83). 68(3) 902–911. (link)

Vous pouvez voir mon CV et une liste détaillée de mes publications sur ma page web personnelle (http://www.melanie-prague.fr/).

N’hésitez pas à me contacter !

 

 

 

SOFTWARES

  • NIMROD A Program for Inference via Normal Approximation of the Posterior in Models with Random effects based on Ordinary Differential Equations. Available from a  dedicated website.
  • R package marqLevAlg implementing the Marquardt-Levenberg algorithm for function optimization available from CRAN.
  • R package CRTgeeDR for augmented doubly robust GEE estimation in cluster randomized trials with informative missing data available on the CRAN.

MAIN CONTRIBUTIONS

  • Prague M., Wang R., Stephens A., Tchetgen Tchetgen E, DeGruttola V. Accounting for interference variables using semi-parametric augmentation for improving efficiency in clustered randomized trials with missing at random outcomes. (2016) Biometrics (IF=1.83), in press. (link)

  • Prague M., Gran JM., Thiébaut R., Aalen A., Commenges D. Dynamic versus marginal structural models for estimating the effect of HAART on CD4 in observational studies: application to the Aquitaine Cohort study and the Swiss HIV Cohort Study. (2016) Biometrics (IF=1.83), in press.  (link)

  • Thiébaut R., Drylewicz J., Prague M., Lacabaratz C., Beq S., Crough T., Sekaly R.P., Lederman M.M., Sereti I., Commenges D., Levy Y. Quantifying and Predicting the Effect of exogenous Interleukin-7 on CD4+T cells in HIV-1 Infection(2015) PLOS comp. Biol. (IF=4.87) online. (link)

  • Prague M., Commenges D. and Thiébaut R. Dynamical models of biomarkers and clinical progression for personalized medicine: the HIV context. (2013) Advanced Drug Delivery Review (IF=11.5) 65(7) 954–965(link)

  • Prague M., Commenges D., Drylewicz J., Thiébaut R. Treatment monitoring of HIV infected patients based on mechanistic models. (2012) Biometrics (IF=1.83). 68(3) 902–911. (link)

Please find my CV and detailed list of publications my personal webpage (http://www.melanie-prague.fr/).

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