Biostatistics

Dr. Hélène JACQUMIN GADDA,PhD, Research Director at Inserm, BIOSTAT Director

Objectives

The main objective of the team is the development of statistical methods for time-dependent data coming from either observational cohort studies, clinical trials or case-control studies with the aim to answer clinical and public health questions regarding chronic diseases: future burden, risk factors, individual prediction, underlying pathological mechanisms, and treatment effects.

 

Research area

In the past five years the team worked on two main topics: multivariate models for time-dependent data and model-based estimation of public health indicators. Our main domain of research focus on the development of multivariate dynamic models for the analysis of censored time-to-events and/or repeated measures of longitudinal data accounting for complex observation schemes. These works are motivated by the study of the natural history of chronic diseases such as the Alzheimer disease or the Multi-System Atrophy, the investigation of the impact of time-dependent exposures, or the validation of surrogate markers for clinical trials in cancer research. Parametric and semiparametric estimation procedures for frailty models for correlated time-to-events, clustered data and/or recurrent events as well as joint models for event times and longitudinal markers were implemented in the R-package Frailtypack. Another field of research regards the extension of mixed models using latent classes and/or latent processes for the analysis of multiple longitudinal outcomes with non-standard distributions in heterogeneous populations. We proposed the R-package LCMM that enables the estimation of latent class mixed models, joint latent class mixed models and mixed models for curvilinear univariate or multivariate longitudinal outcomes. These models were motivated by the analysis of cognitive decline in cohort studies. They account for the population heterogeneity and the issues raised by the metrologic properties of measurement tools of cognition and autonomy (high correlation between markers measuring one or several underlying processes, ordinal data, non-standard asymmetric distributions with floor and/or ceiling effects and unequal sensitivity to changes). We also developed methods for the estimation of Illness-Death model accounting for interval-censoring (Package SmoothHazard). Tools for computing individual prediction and evaluating predictive abilities of these models are also implemented.

Relying on multi-state methodology, we proposed several approaches to forecast the future burden of neurologic diseases and assess the expected impact of intervention scenarios targeting their modifiable risk factors. Depending on the complexity of the investigated scenarios, the indicators for the future burden of the disease are computed analytically or using micro-simulations.

Our current projects particularly focus on causal questions and big-data issues in the framework of dynamic models. On one hand, causal questions are related to our research about the mechanism underlying pathological processes in chronic diseases, the role of some long-term exposure and the impact of social inequalities in health. We will investigate the causal interpretation of the multivariate models we develop and we will propose new methods for studying causality for censored time-to-events and/or time-dependent risk factors. On the other hand, as technological progress allow collecting a very large amount of data (genetics, biology, imaging, IoT data), we investigate new approaches that tackle high-dimensionality issues with respect to the number of time-dependent predictors, markers and outcomes.

 

Software

Find here all our files

R packages :

  • FRAILTYPACK: R package for Shared, Joint (Generalized) Frailty Models; Surrogate Endpoints

https://cran.r-project.org/web/packages/frailtypack/index.html

https://github.com/socale/frailtypack

  • LCMM : Estimation of various models for longitudinal and time-to-event data based on latent classes and latent processes

https://cran.r-project.org/web/packages/lcmm/index.html
https://github.com/CecileProust-Lima/lcmm

https://cran.r-project.org/web/packages/marqLevAlg/index.html
https://github.com/VivianePhilipps/marqLevAlgParallel/

Other programs :




Carreer

If you are interested by research in Biostatistics and more generally Statistics applied to health, send a motivated application to sandrine.darmigny@u-bordeaux.fr. Our biostatistics team welcomes interns, PhD students and postdoctoral researchers each year.




2021 Key Publications

Carles S, Tadde BO, Berr C, Helmer C, Jacqmin-Gadda H, Carriere I, Proust-Lima C. Dynamic reciprocal relationships between cognitive and functional declines along the Alzheimer’s disease continuum in the prospective COGICARE study. Alzheimers Res Ther. 2021 Sep 3;13(1):148. https://doi.org/10.1186/s13195-021-00887-4

Castel C, Sommen C, Strat YL, Alioum A. A multi-state Markov model using notification data to estimate HIV incidence, number of undiagnosed individuals living with HIV, and delay between infection and diagnosis: Illustration in France, 2008-2018. Stat Methods Med Res. 2021 Nov:9622802211032697. https://doi.org/10.1177/09622802211032697

de Courson H, Ferrer L, Barbieri A, Tully PJ, Woodward M, Chalmers J, Tzourio C, Leffondre K. Impact of Model Choice When Studying the Relationship Between Blood Pressure Variability and Risk of Stroke Recurrence. Hypertension. 2021 Nov;78(5):1520-6. https://doi.org/10.1161/hypertensionaha.120.16807
Dinart D, Bellera C, Rondeau V. Sample size estimation for cancer randomized trials in the presence of heterogeneous populations. Biometrics. 2021 Jul 9. https://doi.org/10.1111/biom.13527

Emura T, Sofeu CL, Rondeau V. Conditional copula models for correlated survival endpoints: Individual patient data meta-analysis of randomized controlled trials. Stat Methods Med Res. 2021 Oct 9:9622802211046390. https://doi.org/10.1177/09622802211046390
Kabore R, Ferrer L, Couchoud C, Hogan J, Cochat P, Dehoux L, Roussey-Kesler G, Novo R, Garaix F, Brochard K, Fila M, Parmentier C, Fournier MC, Macher MA, Harambat J, Leffondre K. Dynamic prediction models for graft failure in paediatric kidney transplantation. Nephrol Dial Transplant. 2021 Apr 26;36(5):927-35. https://doi.org/10.1093/ndt/gfaa180

Philipps VH, Boris P. Prague, Melanie Commenges, Daniel Proust-Lima, Cecile. Robust and Efficient Optimization Using a Marquardt-Levenberg Algorithm with R Package marqLevAlg. R Journal. 2021 Dec;13(2):365-79.

Wagner M, Grodstein F, Leffondre K, Samieri C, Proust-Lima C. Time-varying associations between an exposure history and a subsequent health outcome: a landmark approach to identify critical windows. BMC Med Res Methodol. 2021 Nov 27;21(1):266. https://doi.org/10.1186/s12874-021-01403-w

Ben-Hassen C, Helmer C, Berr C, Jacqmin-Gadda H. Five-Year Dynamic Prediction of Dementia Using Repeated Measures of Cognitive Tests and a Dependency Scale. Am J Epidemiol. 2022 Feb 19;191(3):453-64. https://doi.org/10.1093/aje/kwab269

Rouanet A, Avila-Rieger J, Dugravot A, Lespinasse J, Stuckwisch R, Merrick R, Anderson E, Long L, Helmer C, Jacqmin-Gadda H, Dufouil C, Judd S, Manly J, Sabia S, Gross A, Proust-Lima C. How Selection Over Time Contributes to the Inconsistency of the Association Between Sex/Gender and Cognitive Decline Across Cognitive Aging Cohorts. Am J Epidemiol. 2022 Feb 19;191(2):441-52. https://doi.org/10.1093/aje/kwab227

 


Details

Centre de recherche INSERM U1219
Université de Bordeaux – ISPED
146 rue Léo-Saignat
33076 BORDEAUX cedex

Tél : +33 (0)5 57 57 13 93
Tél : +33 (0)5 57 57 95 68
Fax : +33 (0)5 56 24 00 81

  • Director :
    Directrice de l’équipe Biostatistique

    University Bordeaux II           HDR                           2002               Biostatistics/Public Health

    University Paris VII                PhD                            1994                Biostatistics

    University Paris VII                Master 2                     1990               Biomathematics

  • Contact : Sandrine Darmigny


News

Members


  • Ahmadou Alioum
    Professeur des Universités en Biostatistique
    Directeur-Adjoint du Collège Sciences de la Santé

    Parcours

    Depuis 2006- : Professeur des Universités en Biostatistique, ISPED, Université de Bordeaux

    1995-2006 : Maître de Conférences en Biostatistique, ISPED, Université Bordeaux Segalen

    1991-1995 : Assistant associé en Biostatistique et Informatique Médicale, Université de Bordeaux II

     

    Titres et diplômes

    2004 :   Habilitation à Diriger des Recherches (HDR) – Biostatistique

    1994 :    Doctorat de l’Université de Bordeaux 2 (Très Honorable avec Félicitations du Jury)

                    Mention Sciences Biologiques et Médicales, Spécialité Biostatistique

    1990 :    DESS de Mathématiques Appliquées, Université Paris 6 (A. Bien)

    1989 :    Maitrise d’Ingénierie Mathématique, Université de Bordeaux I

    1988 :    Licence de Mathématique, Université de Bordeaux I

     

  • Antoine Barbieri
    Maître de conférences
  • Ariane Bercu
    Ingénieure en Biostatistiques

    Licence d’ingénierie mathématiques à l’université de Bordeaux et University College London (UCL). 


    Master 2 en Biostatistiques à l’Institut de Santé Publique, d’Epidémiologie et de Développement (Isped).

  • Jérémy Chéradame
    Doctorant Cifre (FFR)

    Parcours :

    Diplôme d’ingénieur, Ecole Nationale de la Statistique et d’Analyse de l’Information (Ensai)

  • Leonie Courcoul
    Doctorante

    Mes travaux de thèse portent sur la modélisation de l’impact de la variabilité de la pression artérielle sur le risque d’AVC et de démence. Ma thèse est supervisée par Hélène Jacqmin-Gadda et Antoine Barbieri.

     

    • 2021- : Doctorante en Biostatistique – centre de recherche Bordeaux Population Health, équipe Biostatistique
    • 2020-2021 : Master 2 en Bio-informatique, mention bio-informatique pour la santé – université de Rennes 1, en parallèle de l’ENSAI
    • 2018-2021 : Diplôme d’ingénieur en statistique, filière Statistiques pour les Sciences de la Vie – ENSAI, Rennes
    • 2016-2018 : Classes préparatoires aux grandes écoles, MPSI/MP – Lycée Descartes, Tours
  • Sandrine Darmigny
  • Hugues de Courson
    Doctorant

    – Depuis octobre 2018 : Doctorat en Santé Publique, option Épidémiologie sous la Direction des Pr Karen Leffondré et Christrophe Tzourio

    ” Variabilité de la pression artérielle et risque cérébro-vasculaire, confirmation et nouvelles méthodes”

    – 2017-2018 : Master 2 en Épidémiologie à l’ISPED

    – Octobre 2017 : Doctorat en médecine, Spécialité Anesthésie-Réanimation

     

     

  • Anthony Devaux
    PhD Student

    2019-2022 PhD Student in Biostatistics, University of Bordeaux, FRANCE

    • Title : Dynamic modelling and prediction of health events from multivariate longitudinal data
    • Supervisors : Cécile Proust-Lima (Biostatistics Team) and Robin Genuer (SISTM Team)

    2017-2019 MSc in Biostatistics and Public Health, University of Bordeaux, FRANCE

     

     

  • Bénédicte Driollet
    PhD in Epidemiology, Bordeaux Population Health Research Center, LEHA & Biostatistics teams, INSERM U1219

    RESEARCH INTEREST

    My work focuses on social inequalities in health, which I have had the opportunity to study in the context of pediatric chronic kidney disease . I would like to continue to explore this topic in various areas of application using different methods: causal inference or a combination of quantitative and qualitative research (mixed methods).


    EXPERIENCE

    • Sep 2020 – Aug 2022 : Assistant professor of Epidemiology (ATER) – ISPED, University of Bordeaux
    • Sep 2017 – Nov 2020 : PhD Student, Public Health, Epidemiology surpervised by J. Harambat and K. Leffondré (LEHA team) – Bordeaux Population Health Research Center – INSERM U1219
    • Feb – Aug 2017 : Final year trainee in Epidemiology and Biostatistics (LEHA team) – Bordeaux Population Health Research Center – INSERM U1219
    • Apr – Jun 2016 : Trainee in Epidemiology (Infection Group) – School of Medecine, University of St Andrews, Scotland

    EDUCATION

    • 2017 – 2020 : PhD in Public Health, Epidemiology – University of Bordeaux, EDSP2, EHESP doctoral network
    • 2015 – 2017 : Master’s degree in Public Health and Epidemiology, Institute of Public Health Epidemiology and Development (ISPED) – University of Bordeaux 
    • 2013 – 2015 : Bachelor’s degree in Applied mathematics in social sciences, major in cognitive sciences- University of Bordeaux
    • 2011-2013 : First year of medical studies – University of Bordeaux
    • 2011 : Baccalauréat in science with honors – Saint Louis Villa Pia High School, Bayonne
  • Helene Jacqmin-Gadda
    Directrice de l’équipe Biostatistique

    University Bordeaux II           HDR                           2002               Biostatistics/Public Health

    University Paris VII                PhD                            1994                Biostatistics

    University Paris VII                Master 2                     1990               Biomathematics

  • Pierre Joly
    Maître de Conférences
  • Johann KUHN
  • Kateline Le Bourdonnec
    Doctorante en Santé Publique – Biostatistique au centre de recherche Bordeaux Population Health

    Présentation :

    Actuellement en deuxième année de thèse, j’effectue mes recherches sur les méthodes statistiques pour l’inférence causale dans les études de cohortes en présence de données longitudinales. Ces différents travaux sont appliqués aux vieillissements de la population.

    Cette thèse est encadrée par Cécile Proust-Lima.

    Cursus :

    • 2020- : Doctorante en Biostatistique – centre de recherche Bordeaux Population Health, équipe Biostat
    • 2018-2020 : Master en Santé Publique – Biostatistique – ISPED, Bordeaux
    • 2015-2018 : Licence MIASHS – Rennes
  • Quentin Le Coënt
    Doctorant

    Depuis octobre 2019 : Doctorat en biostatistiques, Université de Bordeaux

    • “Développement de méthodes pour la validation de critères
      de substitution : comparaison des approches causales et non
      causales pour des données de méta-analyses”
    • Sous la direction de Virginie Rondeau (INSERM, U1219) et Catherine Legrand (UCLouvain)

    2018-2019 : Ingénieur biostatisticien, Institut Curie

    2018 : M2 Biostatistiques, ISUP-UPMC

    2018 : M2 Statistiques, UPMC

     

  • Lisa Le Gall
    PhD Student
    • 2021-2024 : Doctorat en santé publique, mention Epidémiologie, université de Bordeaux 
    • 2020-2021 : Master 2 santé publique, mention Epidémiologie, ISPED, université de Bordeaux
    • 2017 : Doctorat en Médecine 
  • Karen Leffondre
    Professor

    Main degrees

    • 1996: MSc Public Health, Biostatistics concentration, Paris-Sud University
    • 1999: PhD Biostatistics, Paris-Sud University
    • 2014: HDR Public Health, University of Bordeaux

    Main appointements

    • 1999-2003: Post-doc, McGill University, Dep. of Epidemiology and Biostatistics
    • 2003-2008: Assistant Professor, University of Montreal, Dep.of Social and Preventive Medicine
    • 2008-2020: Associate Professor (MCF Section CNU 26), University of Bordeaux, ISPED
    • 2020-: Professor (PR Section CNU 26), University of Bordeaux, ISPED
  • Gaelle Munsch
  • Bessekon Serge NIANGORAN
    Doctorant en Biostatistique au BPH, 3ème année – Biostatisticien au Programme PACCI / CERMIPA, CHU de Treichville (Abidjan, Côte d’Ivoire)

    Depuis Septembre 2019 : Inscrit en doctorat de Biostatistique à l’Université de Bordeaux, centre Bordeaux Population Health (BPH) 

    2016-2017 : Master 2 de Santé Publique spécialité «Biostatistiques», Institut de Santé Publique, d’Epidémiologie et de Développement (ISPED), Université de Bordeaux, Bordeaux, France.

    2014-2015 : Master 2 de Recherche «Expertise en Population et Développement», Université Paris V – Réné Descartes, Paris, France.

    2008-2010 : Master 2 Professionnel en Démographie, Institut de Formation et de Recherche Démographique (IFORD), Yaoundé – Cameroun.

    2006-2007 : Maîtrise de Mathématique et informatique, Université de Cocody, Abidjan, Côte d’Ivoire.

    2005-2006 : Licence de Mathématique et informatique, Université de Cocody, Abidjan, Côte d’Ivoire.

    2002–2003 : Diplôme de Technicien de la Statistique, Ecole Nationale Supérieure de Statistique et d’Economie Appliquée (ENSEA), Abidjan, Côte d’Ivoire.

    2001-2002 : Baccalauréat série C (Mathématique et Physique), Lycée Classique d’Abidjan, Côte d’Ivoire.

  • Viviane Philipps
    Ingénieure d’étude
    Viviane.Philipps@u-bordeaux.fr

    Parcours

    Depuis 2017 Ingénieure d’étude, statisticienne – Contractuelle en CDI – Centre INSERM Bordeaux Population Health, Équipe Biostatistique

    2012-2017 Ingénieure d’étude, statisticienne – Contractuelle en CDD – Centre INSERM Bordeaux Population Health, Équipe Biostatistique

    2010-2012 Master de Mathématiques Appliquées, Spécialité Statistique – Université de Strasbourg

    2007-2010 Licence de Mathématiques – Université de Strasbourg

  • Cécile Proust-Lima
    Director of research in Biostatistics

    Education

    2014 HDR (Habilitation to conduct research), Univ. Bordeaux, France.
    2006 PhD in Biostatistics, Univ. Bordeaux Segalen, France.
    2003 Master degree in Epidemiology and Public Health, ISPED, Univ. Bordeaux Segalen, France.
    2002 Master degree in Biostatistics, National School for Statistics and Information Analysis, ENSAI, Rennes, France.

     

  • Manel Rakez
    Ph.D. Student

    Parcours

    2021 – present : Ph.D. degree in Public Health (option Biostatistics), Université de Bordeaux 

    2016 – 2018 : Master of sience in Public Health (Méthodes en évaluation thérapeutique : Biostatistiques, épidémiologie clinique), Université Paris Diderot – Paris VII

    2012 – 2016 : Bachelor of sience in Biology (Biologie cellulaire et physiology), Université Paris Diderot – Paris VII

  • Virginie Rondeau
    Directeur de Recherche INSERM
    PhD in Biostatistics

    Parcours

    2008, HDR (Hability to conduct Research), France.

    2001, Post-Doctorat at USC University, U.S.A.

    2000, PhD in Biostatistics (University of Bordeaux), France.

  • Anaïs Rouanet
    Post-doctorante en Biostatistique

    2019 Post-doctorat dans l’équipe Biostatistique, U1219: Développement de méthodes fréquentistes basées sur des différences finies pour l’estimation
    de corrélations temporelles entre différents processus latents, conjointement à des temps d’événements

    2017 Post-doctorat au Biostatistics Unit, Cambridge University, the UK: Développement de méthodes bayésiennes intégratives pour stratifier le risque d’évènement à partir de biomarqueurs génétiques, de tests cognitifs répétés et biomarqueurs d’imagerie

    2013 Thèse dans l’équipe Biostatistique avec Hélène Jacqmin-Gadda : Prise en compte de la sélection par le décès dans l’étude de la démence et du déclin cognitif

  • Tiphaine SAULNIER
    Doctorante en Biostatistique, Santé Publique
    PhD student in Biostatistics, Public Health

    Mes travaux de recherche portent sur l’Etude de la progression de l’Atrophie Multi-Systématisée dans la cohorte française du centre de référence : Approche statistique longitudinale et multidimensionnelle. L’atrophie multi-systématisée (AMS) est une maladie neurodégénérative rare, qui reste encore aujourd’hui malconnue. Cette thèse a pour objectif global de mieux comprendre l’évolution de cette pathologie par l’analyse des données de la cohorte AMS du centre de référence des maladies rares (CRMR) des CHUs de Bordeaux et de Toulouse. Ces travaux reposent sur le développement de modèles conjoints pour multiples marqueurs répétés et évènements cliniques.

    Cette thèse est encadrée par Cécile PROUST-LIMA, directrice de recherche en Biostatistique au BPH, et Alexandra FOUBERT-SAMIER, PUPH-neurologue au CHU de Bordeaux.

    Parcours

    • 2021- Doctorante en Biostatistique – centre de recherche Bordeaux Population Health, équipe Biostatistique – Bordeaux
    • 2019-2021 Ingénieure d’étude en Biostatistique – centre de recherche Bordeaux Population Health, équipe Biostatistique – Bordeaux
    • 2017-2019 Master en Statistique – université de Strasbourg, Strasbourg
    • 2014-2017 Licence de Mathématiques – université de Bourgogne, Dijon
    • 2014: Baccalauréat Scientifique, option Mathématiques – lycée Edgar Quinet, Bourg-en-Bresse
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