SISTM

Les statistiques dans la biologie des systèmes et la médecine translationnelle

Détails

Contact

Sandrine Darmigny

Mélanie Prague
PhD, Directrice de l'équipe SISTM

Mélanie Prague est Chargée de Recherche Inria et elle dirige l’équipe SISTM du Centre Inria de Bordeaux et du Centre de recherche BPH Bordeaux Population Health U1219  Inserm-université de  Bordeaux. Elle a obtenu son H.D.R. (Habilitation à Diriger des Recherches) en 2024.

> Lire plus

Boris Hejblum
PhD, Directeur adjoint de l'équipe SISTM

Boris Hejblum est Chargé de recherche à l’Inserm, il se consacre principalement au développement de nouvelles méthodes statistiques pour l’analyse de données biomédicales longitudinale en grande dimension pour la recherche vaccinale.

> Lire plus

Objectifs

L’équipe se consacre au développement de méthodes statistiques pour l’analyse intégrative des données en médecine et en biologie. Grâce aux progrès technologiques, la recherche clinique et biologique génère des quantités massives de données. Les données  » omiques  » telles que la génomique (expression des gènes) et la protéomique sont importantes, mais aussi d’autres types de données, pour lesquelles les technologies modernes ont fortement augmenté la quantité d’informations (par exemple, l’imagerie médicale, les comptages cellulaires).

Cette équipe SISTM est labellisée à la fois par l’Inserm, l’université de Bordeaux et l’Inria.

Les applications sont réalisées en collaboration avec l’Institut de recherche sur le vaccin (VRI), d’autres équipes du centre ainsi que l’Unité d’appui méthodologique à la recherche clinique et épidémiologique (USMR) du CHU de Bordeaux.

Les deux principaux objectifs de l’équipe SISTM sont :

    1. Accélérer le développement des vaccins en analysant toutes les informations disponibles lors des essais cliniques de phase précoce et en optimisant les nouveaux essais
    2. Développer de nouvelles méthodes statistiques pour analyser et modéliser les nombreuses données issues de mesures à haut débit.

Axes de recherche

En s’appuyant sur des connaissances biologiques extérieures, l’extraction d’informations pertinentes à partir de données omiques permet d’identifier un signal qui est ensuite intégré dans des modèles mécanistes afin d’en estimer les paramètres. Ces modèles peuvent ensuite orienter les stratégies vaccinales optimales à évaluer dans les prochains essais cliniques. De tels essais in silico, permettant alors de concevoir des essais cliniques optimisés avec des stratégies personnalisées, génèrent à leur tour de nouvelles données qui nécessitent et alimentent de nouveaux développements méthodologiques tels que ceux mentionnés précédemment.

En savoir plus

Publications clés 2024

Alexandre M, Prague M, Lhomme E, Lelievre J-D, Wittkop L, Richert L, Levy Y, Thiebaut R. Definition of Virological Endpoints Improving the Design of HIV Cure Strategies Using Analytical Antiretroviral Treatment Interruption. Clin Infect Dis. 2024;79(6):1447-57. https://doi.org/10.1093/cid/ciae235

Barry H, Lhomme E, Surenaud M, Nouctara M, Robinson C, Bockstal V, Valea I, Somda S, Tinto H, Meda N, Greenwood B, Thiebaut R, Lacabaratz C. Helminth exposure and immune response to the two-dose heterologous Ad26.ZEBOV, MVA-BN-Filo Ebola vaccine regimen. PLoS Negl Trop Dis. 2024;18(4):e0011500. https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0011500

Ganser I, Buckeridge DL, Heffernan J, Prague M, Thiebaut R. Estimating the population effectiveness of interventions against COVID-19 in France: A modelling study. Epidemics. 2024;46:100744. https://doi.org/10.1016/j.epidem.2024.100744

Hejblum BP, Ba K, Thiebaut R, Agniel D. Neglecting the impact of normalization in semi-synthetic RNA-seq data simulations generates artificial false positives. Genome Biol. 2024;25(1):281. https://doi.org/10.1186/s13059-024-03231-9

Hivert B, Agniel D, Thiébaut R, Hejblum BP. Post-clustering difference testing: Valid inference and practical considerations with applications to ecological and biological data. Comput Stat Data Anal. 2024;193:107916. https://doi.org/10.1016/j.csda.2023.107916

Levy Y, Moog C, Wiedemann A, Launay O, Candotti F, Hardel L, Durand M, […], Thiebaut R, Pantaleo G, Lelievre J-D, Richert L. Safety and immunogenicity of CD40.HIVRI.Env, a dendritic cell-based HIV vaccine, in healthy HIV-uninfected adults: a first-in-human randomized, placebo-controlled, dose-escalation study (ANRS VRI06). eClinicalMedicine. 2024;77:102845. https://doi.org/10.1016/j.eclinm.2024.102845

Loubet P, Lelievre J-D, Francois A, Botelho-Nevers E, Chidiac C, Chirio D, Dubee V, Dussol B, Galtier F, Hessamfar M, […], Launay O, Wittkop L. Humoral response after mRNA COVID-19 primary vaccination and single booster dose in people living with HIV compared to controls: A French nationwide multicenter cohort study-ANRS0001s COV-POPART. Int J Infect Dis. 2024;146:107110. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2024.107110

Savel H, Meyer-Losic F, Proust-Lima C, Richert L. Statistical classification of treatment responses in mouse clinical trials for stratified medicine in oncology drug discovery. Sci Rep. 2024;14(1):934. https://doi.org/10.1038/s41598-023-51055-7

Segalas C, Helmer C, Genuer R, Proust-Lima C. Functional Principal Component Analysis as an Alternative to Mixed-Effect Models for Describing Sparse Repeated Measures in Presence of Missing Data. Stat Med. 2024;43(26):4899-912. https://doi.org/10.1002/sim.10214

Valayer S, Alexandre M, Prague M, Beavogui AH, Doumbia S, Kieh M, Greenwood B, Leigh B, Poupelin M, […], Thiebaut R, Levy Y, Yazdanpanah Y, Richert L, Lhomme E. Evaluation of waning of IgG antibody responses after rVSVDeltaG-ZEBOV-GP and Ad26.ZEBOV, MVA-BN-Filo Ebola virus disease vaccines: a modelling study from the PREVAC randomized trial. Emerg Microbes Infect. 2024;14(1):2432353. https://doi.org/10.1080/22221751.2024.2432353

Consulter toutes les publications de l’équipe dans Oskar

Dernières actualités

Publié le : 19 Déc 2024

Lancement du site web pour le projet européen SOLVE en vaccinologie

New project
Des vaccins sûrs et efficaces contre le COVID-19 ont été essentiels pour surmonter la pandémie et restent notre meilleur outil pour protéger les citoyens.   L’équipe BPH-SISTM  et la plateforme UMS 54 MART « Methods and Applied Research for Trials » contribuent en tant que partenaires au projet européen SOLVE Sustainable COVID-19 Vaccination for Long-term […]
En savoir plus
Publié le : 10 Oct 2024

Essai Clinique ANRS VRI06 de Phase I pour un vaccin préventif contre le VIH

presse
Plus de 40 ans après la découverte du VIH, la mise au point d’un vaccin reste essentielle pour contrôler l’épidémie. Cependant actuellement il n’y a plus aucun candidat vaccin testé en phase III, tous les essais ayant été interrompus en raison d’un manque d’efficacité.     Photo de Iván Díaz sur Unsplash       Notre équipe est […]
En savoir plus
Publié le : 04 Oct 2024

Un espoir dans la lutte contre le VIH : un candidat-vaccin préventif montre des résultats encourageants

presse
Ce candidat vaccin innovant baptisé CD40.HIVRI.Env vient de démontrer, dans le cadre de l’essai clinique ANRS VRI06 de phase I, sa sûreté et sa capacité à induire une réponse immunitaire rapide et durable.   image : pexels-ron-lach-9893851   Cette recherche est le fruit d’une collaboration entre le Vaccine Research Institute (VRI),( https://vaccine-research-institute.fr/fr de l’Inserm, de […]
En savoir plus
Publié le : 29 Avr 2024

Lancement de CAP Santé numérique
dans le cadre de l’appel à manifestation d’intérêt
"Compétences et métiers d’avenir"

Événements
Lancement de CAP Santé numériquedans le cadre de l’appel à manifestation d’intérêt« Compétences et métiers d’avenir » Trois projets lauréats de l’université dans le cadre de l’appel à manifestation d’intérêt « Compétences et métiers d’avenir » ont été lancés le mardi 9 avril. L’un de ces projets est CAP Santé numérique porté par Rodolphe THIEBAUT (Directeur du […]
En savoir plus
Publié le : 07 Fév 2024

Covid-19 : Etude de l'efficacité des mesures instaurées contre le virus en France

presse
Covid-19 : Etude de l’efficacité des mesures instaurées contre le virus en France Des chercheurs de l’université de Bordeaux et du CHU de Bordeaux, de l’Inserm et d’Inria publient des estimations sur l’efficacité des mesures restrictives (confinement, couvre-feu…) et de la politique vaccinale à partir d’une modélisation mathématique des données françaises. Ces résultats sont publiés […]
En savoir plus