SISTM

Les statistiques dans la biologie des systèmes et la médecine translationnelle

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Sandrine Darmigny

Rodolphe Thiebaut

Pr. Rodolphe Thiebaut
MD, PhD, directeur de SISTM

Rodolphe Thiebaut is a medical doctor, with specialization in Public Health. He holds a PhD in Biostatistics from Bordeaux University.

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Objectifs

L’équipe se consacre au développement de méthodes statistiques pour l’analyse intégrative des données en médecine et en biologie. Grâce aux progrès technologiques, la recherche clinique et biologique génère des quantités massives de données. Les données  » omiques  » telles que la génomique (expression des gènes) et la protéomique sont importantes, mais aussi d’autres types de données, pour lesquelles les technologies modernes ont fortement augmenté la quantité d’informations (par exemple, l’imagerie médicale, les comptages cellulaires).
Cette équipe SISTM est labellisée à la fois par l’Inserm et l’Inria.

Les applications sont réalisées en collaboration avec l’Institut de recherche sur le vaccin (VRI), d’autres équipes du centre ainsi que l’Unité d’appui méthodologique à la recherche clinique et épidémiologique (USMR) du CHU de Bordeaux.

Les deux principaux objectifs de l’équipe SISTM sont :

  • Accélérer le développement des vaccins en analysant toutes les informations disponibles dans les premiers essais cliniques et en optimisant les nouveaux essais.
  • Développer de nouvelles approches de science des données pour analyser et modéliser des données de haute dimension dans des études à petit échantillon.

Domaine de recherche

L’équipe est organisée autour de trois axes partageant un objectif commun. Elle est embarquée dans un double défi de développement de méthodes pour traiter des données de haute dimension avec un échantillon de faible taille et une application principale pour accélérer le développement de vaccins.

Ainsi, dans l’axe 1, les informations pertinentes sont extraites des big data. Ces informations sont utilisées pour estimer les paramètres des modèles mécanistes dans l’axe 2. Les modèles mécanistes peuvent ensuite être utilisés pour simuler les stratégies optimales de vaccination à évaluer dans les prochains essais cliniques.

En savoir plus

Publications clés 2022

Agniel D, Hejblum BP, Thiebaut R, Parast L. Doubly robust evaluation of high-dimensional surrogate markers. Biostatistics. 2022 Jul 6. https://doi.org/10.1093/biostatistics/kxac020

Alexandre M, Marlin R, Prague M, Coleon S, Kahlaoui N, Cardinaud S, Naninck T, Delache B, Surenaud M, Galhaut M, Dereuddre-Bosquet N, Cavarelli M, Maisonnasse P, Centlivre M, Lacabaratz C, Wiedemann A, Zurawski S, Zurawski G, Schwartz O, Sanders RW, Le Grand R, Levy Y, Thiebaut R. Modelling the response to vaccine in non-human primates to define SARS-CoV-2 mechanistic correlates of protection. Elife. 2022 Jul 8;11. https://doi.org/10.7554/eLife.75427

Anywaine Z, Barry H, Anzala O, Mutua G, Sirima SB, Eholie S, Kibuuka H, Betard C, Richert L, Lacabaratz C, McElrath MJ, De Rosa SC, Cohen KW, Shukarev G, Katwere M, Robinson C, Gaddah A, Heerwegh D, Bockstal V, Luhn K, Leyssen M, Thiebaut R, Douoguih M, group EBLS. Safety and immunogenicity of 2-dose heterologous Ad26.ZEBOV, MVA-BN-Filo Ebola vaccination in children and adolescents in Africa: A randomised, placebo-controlled, multicentre Phase II clinical trial. PLoS Med. 2022 Jan 11;19(1):e1003865. https://doi.org/10.1371/journal.pmed.1003865

Avalos-Fernandez M, Alin T, Métayer C, Thiébaut R, Enaud R, Delhaes L. The respiratory microbiota alpha-diversity in chronic lung diseases: first systematic review and meta-analysis. Respir Res. 2022 Aug 23;23(1):214. https://doi.org/10.1186/s12931-022-02132-4

Clairon Q, Samson A. Optimal control for parameter estimation in partially observed hypoelliptic stochastic differential equations. Computation Stat. 2022 Nov;37(5):2471-91. https://doi.org/10.1007/s00180-022-01212-9

Ferté T, Jouhet V, Griffier R, Hejblum BP, Thiébaut R, Faure I, Revel P, Tentillier E, Dindart J-M, Gruson D, Joannes-Boyau O, Malvy J-MD, Pistone T, Neau D, Nguyen D, Lafon M-E, Molimard M, Schaeverbeke T, Grenier N, Salles N, Rouanet F. The benefit of augmenting open data with clinical data-warehouse EHR for forecasting SARS-CoV-2 hospitalizations in Bordeaux area, France. JAMIA Open. 2022 Dec;5(4):ooac086. https://doi.org/10.1093/jamiaopen/ooac086

Prague M, Lavielle M. SAMBA: A novel method for fast automatic model building in nonlinear mixed-effects models. CPT Pharmacometrics Syst Pharmacol. 2022 Feb 1;11(2):161-72. https://doi.org/10.1002/psp4.12742

Richert L, Lelievre J-D, Lacabaratz C, Hardel L, Hocini H, Wiedemann A, Lucht F, Poizot-Martin I, Bauduin C, Diallo A, Rieux V, Rouch E, Surenaud M, Lefebvre C, Foucat E, Tisserand P, Guillaumat L, Durand M, Hejblum B, Launay O, Thiebaut R, Levy Y. T Cell Immunogenicity, Gene Expression Profile, and Safety of Four Heterologous Prime-Boost Combinations of HIV Vaccine Candidates in Healthy Volunteers: Results of the Randomized Multi-Arm Phase I/II ANRS VRI01 Trial. J Immunol. 2022 Jun 15;208(12):2663-74. https://doi.org/10.4049/jimmunol.2101076

Team PS, Kieh M, Richert L, Beavogui AH, Grund B, Leigh B, D’Ortenzio E, Doumbia S, Lhomme E, Sow S, Vatrinet R, Roy C, Kennedy SB, Faye S, Lees S, Millimouno NP, Camara AM, Samai M, Deen GF, Doumbia M, Esperou H, Pierson J, Watson-Jones D, Diallo A, Wentworth D, McLean C, Simon J, Wiedemann A, Dighero-Kemp B, Hensley L, Lane HC, Levy Y, Piot P, Greenwood B, Chene G, Neaton J, Yazdanpanah Y. Randomized Trial of Vaccines for Zaire Ebola Virus Disease. N Engl J Med. 2022 Dec 29;387(26):2411-24. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2200072

Collin A, Hejblum BP, Vignals C, Lehot L, Thiebaut R, Moireau P, Prague M. Using a population-based Kalman estimator to model the COVID-19 epidemic in France: estimating associations between disease transmission and non-pharmaceutical interventions. Int J Biostat. 2023 Jan 6. https://doi.org/10.1515/ijb-2022-0087

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