
SISTM
Les statistiques dans la biologie des systèmes et la médecine translationnelle

Objectifs
L’équipe se consacre au développement de méthodes statistiques pour l’analyse intégrative des données en médecine et en biologie. Grâce aux progrès technologiques, la recherche clinique et biologique génère des quantités massives de données. Les données » omiques » telles que la génomique (expression des gènes) et la protéomique sont importantes, mais aussi d’autres types de données, pour lesquelles les technologies modernes ont fortement augmenté la quantité d’informations (par exemple, l’imagerie médicale, les comptages cellulaires).
Cette équipe SISTM est labellisée à la fois par l’Inserm et l’Inria.
Les applications sont réalisées en collaboration avec l’Institut de recherche sur le vaccin (VRI), d’autres équipes du centre ainsi que l’Unité d’appui méthodologique à la recherche clinique et épidémiologique (USMR) du CHU de Bordeaux.
Les deux principaux objectifs de l’équipe SISTM sont :
- Accélérer le développement des vaccins en analysant toutes les informations disponibles dans les premiers essais cliniques et en optimisant les nouveaux essais.
- Développer de nouvelles approches de science des données pour analyser et modéliser des données de haute dimension dans des études à petit échantillon.
Domaine de recherche
L’équipe est organisée autour de trois axes partageant un objectif commun. Elle est embarquée dans un double défi de développement de méthodes pour traiter des données de haute dimension avec un échantillon de faible taille et une application principale pour accélérer le développement de vaccins.
Ainsi, dans l’axe 1, les informations pertinentes sont extraites des big data. Ces informations sont utilisées pour estimer les paramètres des modèles mécanistes dans l’axe 2. Les modèles mécanistes peuvent ensuite être utilisés pour simuler les stratégies optimales de vaccination à évaluer dans les prochains essais cliniques.
Téléchargements
Pour l’estimation Lasso de la logistique conditionnelle.
Modèles de régression pour les études cas-témoins appariées et les études cas-croisés
Publications clés 2021
Alexandre M, Prague M, Thiebaut R. Between-group comparison of area under the curve in clinical trials with censored follow-up: Application to HIV therapeutic vaccines. Stat Methods Med Res. 2021 Jul 4:9622802211023963. https://doi.org/10.1177/09622802211023963
Barry H, Mutua G, Kibuuka H, Anywaine Z, Sirima SB, Meda N, Anzala O, Eholie S, Betard C, Richert L, Lacabaratz C, McElrath MJ, De Rosa S, Cohen KW, Shukarev G, Robinson C, Gaddah A, Heerwegh D, Bockstal V, Luhn K, Leyssen M, Douoguih M, Thiebaut R, group EBLS. Safety and immunogenicity of 2-dose heterologous Ad26.ZEBOV, MVA-BN-Filo Ebola vaccination in healthy and HIV-infected adults: A randomised, placebo-controlled Phase II clinical trial in Africa. PLoS Med. 2021 Oct;18(10):e1003813. https://doi.org/10.1371/journal.pmed.1003813
Capitaine L, Genuer R, Thiebaut R. Random forests for high-dimensional longitudinal data. Stat Methods Med Res. 2021 Jan;30(1):166-84. https://doi.org/10.1177/0962280220946080
Colas C, Hejblum B, Rouillon S, Thiebaut R, Oudeyer PY, Moulin-Frier C, Prague M. EpidemiOptim: A Toolbox for the Optimization of Control Policies in Epidemiological Models. J Artif Intell Res. 2021 Jul;71:479-519. https://doi.org/10.1613/jair.1.12588
Levy Y, Lacabaratz C, Lhomme E, Wiedemann A, Bauduin C, Fenwick C, Foucat E, Surenaud M, Guillaumat L, Boilet V, Rieux V, Bouchaud O, Girard PM, Molina JM, Morlat P, Hocqueloux L, Richert L, Pantaleo G, Lelievre JD, Thiebaut R. A randomized placebo-controlled efficacy study of a prime boost therapeutic vaccination strategy in HIV-1 infected individuals: VRI02 ANRS 149 LIGHT Phase II trial. J Virol. 2021 Apr 12;95(9). https://doi.org/10.1128/jvi.02165-20
Levy Y, Wiedemann A, Hejblum BP, Durand M, Lefebvre C, Surenaud M, Lacabaratz C, Perreau M, Foucat E, Dechenaud M, Tisserand P, Blengio F, Hivert B, Gauthier M, Cervantes-Gonzalez M, Bachelet D, Laouenan C, Bouadma L, Timsit JF, Yazdanpanah Y, Pantaleo G, Hocini H, Thiebaut R, French Ccsg. CD177, a specific marker of neutrophil activation, is associated with coronavirus disease 2019 severity and death. iScience. 2021 Jul 23;24(7):102711. https://doi.org/10.1016/j.isci.2021.102711
Loubet P, Wittkop L, Tartour E, Parfait B, Barrou B, Blay JY, Hourmant M, Lachatre M, Laplaud DA, Laville M, Laviolle B, Lelievre JD, Morel J, Nguyen S, Spano JP, Terrier B, Thiebaut A, Viallard JF, Vrtovsnik F, de Lamballerie X, Launay O. A French cohort for assessing COVID-19 vaccine responses in specific populations. Nat Med. 2021 Jul 12;27(8):1319-21. https://doi.org/10.1038/s41591-021-01435-1
Pollard AJ, Launay O, Lelievre JD, Lacabaratz C, Grande S, Goldstein N, Robinson C, Gaddah A, Bockstal V, Wiedemann A, Leyssen M, Luhn K, Richert L, Betard C, Gibani MM, Clutterbuck EA, Snape MD, Levy Y, Douoguih M, Thiebaut R, group EEs. Safety and immunogenicity of a two-dose heterologous Ad26.ZEBOV and MVA-BN-Filo Ebola vaccine regimen in adults in Europe (EBOVAC2): a randomised, observer-blind, participant-blind, placebo-controlled, phase 2 trial. Lancet Infect Dis. 2021 Apr;21(4):493-506. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(20)30476-X
Zhang HG, Hejblum BP, Weber GM, Palmer NP, Churchill SE, Szolovits P, Murphy SN, Liao KP, Kohane IS, Cai T. ATLAS: an automated association test using probabilistically linked health records with application to genetic studies. J Am Med Inform Assoc. 2021 Nov 25;28(12):2582-92. https://doi.org/10.1093/jamia/ocab187
Prague M, Lavielle M. SAMBA: A novel method for fast automatic model building in nonlinear mixed-effects models. CPT Pharmacometrics Syst Pharmacol. 2022 Feb 1;11(2):161-72. https://doi.org/10.1002/psp4.12742
Dernières actualités

Membres
AlexandreMarie
Post-doctorante / Post-doctoral fellowAvalos FernandezMarta
Maître de ConférencesBAKALIDOU
Etudiant en thèseBarryHoureatou
Etudiante en thèseClaironQuentin
Chargé de Recherche INRIAColajanniAntonin
Ingénieur d'étudesDarmignySandrine
Assistante administrativeFALLETSARA
Ingénieur d'étudesFerteThomas
Etudiant en thèseGanserIris
Etudiante en thèseGenuerRobin
Maître de ConférencesHejblumBoris
Chargé de Recherche INSERMHivertBenjamin
Etudiant en thèseHuchonMelanie
Ingénieure d'étudesLhommeEdouard
MD, PhD - MCU-PH Santé PubliqueNERESTANClément
IngénieurOttaviAnton
Coordinateur de Projets InternationauxPragueMélanie
Chargé de Recherche InriaRichertLaura
PUPHSAVELHelene
Etudiante en thèseSégalasCorentin
Post-doctorantThiebautRodolphe
Directeur d'équipeTzourioPanthéa
Ingénieur d'étudesWittkopLinda
MD PhD - MCU-PH Santé Publique