Equipe de recherche en informatique appliquée à la santé – ERIAS

En s’appuyant sur un approche pluridisciplinaire, l’équipe ERIAS associe des enseignants chercheurs en informatique et des praticiens hospitaliers spécialisés en informatique médicale dans le but de fournir des méthodes et outils comme supports aux activités de collecte et d’intégration de données, prenant en compte le caractère incertain, implicite et temporel des données de santé et leur provenance.
Le principal objectif est de transformer des données brutes en des données de haute qualité afin de permettre la réutilisation de données de santé.

Axe principal de recherche : intégration de données et connaissances en santé publique

  • Extraction d’information et annotation
  • Représentation et alignement de connaissances
  • Accès sémantique à l’information

 



 

Principales publications

  1. Ayllón-Benítez, Aarón, Fleur Mougin, Jesualdo Tomás Fernández-Breis, Manuel Quesada Martinez, Patricia Thebault, et Romain Bourqui. 2017. « Deciphering gene sets annotations with ontology based visualization ». In Proceedings of 21st International Conference Information Visualisation (IV), 2017. London, United Kingdom. https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01524572.
  2. Jouhet, Vianney, Fleur Mougin, Bérénice Bréchat, et Frantz Thiessard. 2017. « Building a Model for Disease Classification Integration in Oncology, an Approach Based on the National Cancer Institute Thesaurus ». Journal of Biomedical Semantics 8 (1): 6. https://doi.org/10.1186/s13326-017-0114-4.
  3. Mougin, Fleur, David Auber, Romain Bourqui, Gayo Diallo, Isabelle Dutour, Vianney Jouhet, Frantz Thiessard, Rodolphe Thiébaut, et Patricia Thébault. 2018. « Visualizing Omics and Clinical Data: Which Challenges for Dealing with Their Variety? » Methods 132 (janvier): 3‑18. https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2017.08.012.
  4. Nikiema, Jean Noël, Vianney Jouhet, et Fleur Mougin. 2017. « Integrating Cancer Diagnosis Terminologies Based on Logical Definitions of SNOMED CT Concepts ». Journal of Biomedical Informatics 74 (octobre): 46–58. https://doi.org/10.1016/j.jbi.2017.08.013.
  5. Petit-Monéger, Aurélie, Frantz Thiessard, Pernelle Noize, Driss Berdaï, Vianney Jouhet, Florence Saillour-Glénisson, Louis-Rachid Salmi, PACHA research group, et others. 2017. « Definition of indicators of the appropriateness of oral anticoagulant prescriptions in hospitalized adults: Literature review and consensus (PACHA study) ». Archives of Cardiovascular Diseases.
  6. Dramé, Khadim, Fleur Mougin, et Gayo Diallo. 2016. « Large Scale Biomedical Texts Classification: A KNN and an ESA-Based Approaches ». Journal of Biomedical Semantics 7 (juin): 40. https://doi.org/10.1186/s13326-016-0073-1.
  7. Diallo, Gayo. 2014. « An Effective Method of Large Scale Ontology Matching ». Journal of Biomedical Semantics 5 (1): 44. https://doi.org/10.1186/2041-1480-5-44.
  8. Avillach, Paul, Jean-Charles Dufour, Gayo Diallo, Francesco Salvo, Michel Joubert, Frantz Thiessard, Fleur Mougin, et al. 2013. « Design and Validation of an Automated Method to Detect Known Adverse Drug Reactions in MEDLINE: A Contribution from the EU-ADR Project ». Journal of the American Medical Informatics Association: JAMIA 20 (3): 446‑52. https://doi.org/10.1136/amiajnl-2012-001083.
  9. Thiessard, Frantz, Fleur Mougin, Gayo Diallo, Vianney Jouhet, Sébastien Cossin, Nicolas Garcelon, Boris Campillo, et al. 2012. « RAVEL: retrieval and visualization in ELectronic health records ». Studies in health technology and informatics 180: 194‑98.

Coordonnées

Centre de recherche INSERM U1219
Université de Bordeaux – ISPED
146 rue Léo-Saignat
33076 BORDEAUX cedex

Tél : +33 (0)5 57 57 15 04
Fax : +33 (0)5 57 57 45 33

  • Directeur :
    HDR- Maître de Conférences en Informatique – Directeur Team ERIAS
    BPH Centre Inserm 1219 – Team ERIAS

    Parcours

    2019: Habilitation à Diriger des Recherches

    2009- : Maître de Conférences en Informatique

    2008-2009: Chercheur Post-doc, LISI -ENSMA Futuruscope, Poitiers, Fr

    2007-2008: Research Assistant, City University of London, UK,

    12/2006: Doctorat en Informatique, Université de Grenoble 1 Joseph Fourier

    2004-2006: ATER en Informatique, Université de Grenoble 2 Pièrre Mendes France

    2001-2004: Allocataire (Univ. Grenoble 1)-Moniteur de Recherche (Univ. Grenoble 2)

    Fev- Mai 2001: Vacataire d’Enseignement, IUT 2 de Grenoble

  • Contact : Marie-Odile Coste


Informations

News

Membres


  • Georgeta Bordea
    Chercheur postdoctoral

    Parcours

    Depuis juin 2017: Chercheur postdoctoral à l’Université de Bordeaux
    Octobre 2013 – février 2017: Postdoctoral researcher à l’Université d’Irlande, Galway
    Septembre 2011 – aout 2012: Teaching assistant à l’Université d’Irlande, Galway
    Avril 2009 – septembre 2013: Doctorat en Informatique, Université d’Irlande, Galway

  • Marina Boudin
    PhD student

    Academic studies

    • 2020 – Today : Public Health PhD, University of Bordeaux.
    • 2018 – 2020 : Master of Bioinformatics, option computational biology, University of Bordeaux.
    • 2017 – 2018 : Licence of Biology, University of Bordeaux, option ecosystems and biology, option life science. 
    • 2015 – 2017 : Preparatory Classes for grandes écoles BCPST (Biology, Chemistry, Physics and Geology).
    • 2015 : High – School Graduation. 
  • Sebastien Cossin
    Assistant Hospitalier Universitaire
    • 2011-2016: medical student, Bordeaux
    • 2015: MSc in Medical Informatics, University of Bordeaux
    • 2017: Presidential Innovation Fellow, SGMAP, French ministry of Social Affairs and Health
    • Since 2018: Teaching hospital assistant, Bordeaux University Hospital
    • 2018-2021: PhD student, University of Bordeaux
  • Marie-Odile Coste
  • Coralie Courtinard
    PhD Student

    Education:

    2021 : 1-year degree – Data Protection Officer, Paris Panthéon-Assas University

    October 2018 – onwards: PhD Student in Public Health (ISPED) 

    Research title : Survival endpoints to assess treatment outcomes in patients with metastatic breast cancer: Contribution of real world data  (Directors: Carine Bellera and Sophie Gourgou)

    2017  : Master of Science, Public Health, Epidemiology, Paris Sud University

    2011: 1-year degree in Statistics and Life Science, Clinical Epidemiology, Paris Sud University

     

     

     

     

  • Gayo Diallo
    HDR- Maître de Conférences en Informatique – Directeur Team ERIAS
    BPH Centre Inserm 1219 – Team ERIAS

    Parcours

    2019: Habilitation à Diriger des Recherches

    2009- : Maître de Conférences en Informatique

    2008-2009: Chercheur Post-doc, LISI -ENSMA Futuruscope, Poitiers, Fr

    2007-2008: Research Assistant, City University of London, UK,

    12/2006: Doctorat en Informatique, Université de Grenoble 1 Joseph Fourier

    2004-2006: ATER en Informatique, Université de Grenoble 2 Pièrre Mendes France

    2001-2004: Allocataire (Univ. Grenoble 1)-Moniteur de Recherche (Univ. Grenoble 2)

    Fev- Mai 2001: Vacataire d’Enseignement, IUT 2 de Grenoble

  • Vianney Jouhet
    Praticien hospitalier

    2016 : Thèse pour le diplôme de docteur en Santé Publique, Option Informatique Médicale, Bordeaux

    2010 :  Thèse pour le diplôme de docteur en Médecine
    Mention très honorable. Proposition pour le prix de thèse. Université de Poitiers.

    2010 :  Diplôme d’Etudes Spécialisées (DES) de Santé publique et médecine sociale
    Université de Poitiers.

    2010 :  Master 2 parcours recherche « Méthodes de Traitement de l’Information Biomédicale et Hospitalière »
    Mention TB. Université de Rennes.

  • Fleur Mougin
    Professor

    Appointments

    September 2021-      Full professor of Computer science, University of Bordeaux
    2007-2021                 Associate professor of Computer science, University of Bordeaux
    2006-2007               Assistant professor of Computer science, University of Rennes 2
    2003-2004               Teaching assistant of Computer science, University of Rennes 2

    Main degrees

    2019 HDR in Computer science, University of Bordeaux
    Title: Issues related to termino-ontological resources in health
    Team: ERIAS, Bordeaux Population Health research center, Inserm U1219

    2006 PhD in Computer science, University of Rennes 1
    Title: Conception of a semantic Web model applied to functional genomics
    Team: University team 3888 « Conceptual Modeling of Biomedical Knowledge »

    2002 DESS (fifth-year university degree) in Medical Informatics, University of Rennes 1, France

    2001 Maîtrise (fourth-year university degree) in Computer engineering, University of Rennes 1, France

  • Jean Noël Nikiema

    2016 : Master degree in Public Health : Medical informatics, Bordeaux school of public health, Bordeaux University, France
    2014 : Medical doctorate, «Institut superieur des Sciences de la Santé (INSSA)», «Université Polytechnique de Bobo (UPB)», Burkina Faso

  • Bruno Thiao-Layel
    Doctorant en informatique et santé

    2015 Master 2 Santé Publique, Informatique médicale Université de Bordeaux
    2014 Maitrise Sciences et Technologies, Informatique Génie logiciel Université Bordeaux I
    2013 Licence, Informatique Université Bordeaux I

  • Frantz Thiessard
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