Biostatistics

The team develops new models and statistical methods for data from epidemiological studies and clinical trials, with a strong emphasis on cohort data analysis.

Objectives

The Biostatistics team develops statistical methods for the analysis of data from epidemiological studies or clinical trials. The major area of research focuses on dynamic models, i.e. all the models to take into account the temporal dimension of events and processes. Some works have a strong theoretical dimension but they are all motivated by applications for natural history, risk factors, diagnosis or prognosis of chronic diseases such as Alzheimer’s disease, AIDS, cancer or disease chronic kidney and by the assessment of the impact of these diseases for Public Health. Software that implements these methods are regularly made available to the scientific community via Internet. To support its activities recruitments are planned.

Biostatistics Team

Research area

Multivariate models for time-dependent data

  • Joint models for longitudinal markers and multiple events
  • Latent process models
  • Multi-state models
  • Modeling of protracted exposure in case-control studies
  • Evaluation of model assumptions and predictive ability

Model-based estimation of Public Health indicators

  • Projection of dementia burden and impact of intervention
  • Estimation of HIV infection from several sources of data

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If you are interested by research in Biostatistics and more generally Statistics applied to health, send a motivated application to sandrine.darmigny@u-bordeaux.fr. Our biostatistics team welcomes interns, PhD students and postdoctoral researchers each year.




Main publications

  1. Commenges D and Jacqmin-Gadda H. Dynamical Biostatistical Models. 2015. Ed : CRC Press
  2. Commenges D and Jacqmin-Gadda H. Modèles Biostatistiques pour l’Epidémiologie. 2015. Ed : De Boeck
  3. Blanche P, Proust-Lima C, Loubère L, Dartigues JF, Jacqmin-Gadda H. Qantifying and comparing dynamic predictive accuracy of joint models for longitudinal marker and time-to-event in presence of censoring and competing risk events, Biometrics 2015, 71,102-113
  4. Joly P,Touraine C, Georget A, Dartigues JF, Commenges D, Jacqmin-Gadda H. Prevalence projections of chronic diseases and impact of public health intervention, Biometrics, 2013;69: 109–117.
  5. Rondeau, V., Mazroui, Y., & Gonzalez, J. R. (2012). frailtypack: an R package for the analysis of correlated survival data with frailty models using penalized likelihood estimation or parametrical estimation. Journal of Statistical Software, 47(4), 1-28.

Details

Centre de recherche INSERM U1219
Université de Bordeaux – ISPED
146 rue Léo-Saignat
33076 BORDEAUX cedex

Tél : +33 (0)5 57 57 13 93
Tél : +33 (0)5 57 57 95 68
Fax : +33 (0)5 56 24 00 81

  • Director :
    Directrice de l’équipe Biostatistique

    University Bordeaux II           HDR                           2002               Biostatistics/Public Health

    University Paris VII                PhD                            1994                Biostatistics

    University Paris VII                Master 2                     1990               Biomathematics

  • Contact : Sandrine Darmigny


News

Members


  • Ahmadou Alioum
    Professeur des Universités en Biostatistique
    Directeur-Adjoint du Collège Sciences de la Santé

    Parcours

    Depuis 2006- : Professeur des Universités en Biostatistique, ISPED, Université de Bordeaux

    1995-2006 : Maître de Conférences en Biostatistique, ISPED, Université Bordeaux Segalen

    1991-1995 : Assistant associé en Biostatistique et Informatique Médicale, Université de Bordeaux II

     

    Titres et diplômes

    2004 :   Habilitation à Diriger des Recherches (HDR) – Biostatistique

    1994 :    Doctorat de l’Université de Bordeaux 2 (Très Honorable avec Félicitations du Jury)

                    Mention Sciences Biologiques et Médicales, Spécialité Biostatistique

    1990 :    DESS de Mathématiques Appliquées, Université Paris 6 (A. Bien)

    1989 :    Maitrise d’Ingénierie Mathématique, Université de Bordeaux I

    1988 :    Licence de Mathématique, Université de Bordeaux I

     

  • Antoine Barbieri
    Maître de conférences
  • Sebastien Branchoux
    PhD student

    Education

    Since October 2017 – PhD Student in Public Health (ISPED) –  Surrogate end points of overall survival for metastatic cancer patients treated by immune-checkpoint inhibitors (Director: Virginie Rondeau & Carine Bellera)

    2007-2009 – Master degree in Applied Statistics and Modelization, Montpellier University of Sciences

    2006-2007 – GCE “A” levels in Biology, Montpellier University of Sciences.

  • Jocelyn Chauvet
    Post-doctorant (équipe Biostatistique)
  • Jérémy Chéradame
    Doctorant Cifre (FFR)

    Parcours :

    Diplôme d’ingénieur, Ecole Nationale de la Statistique et d’Analyse de l’Information (Ensai)

  • Sandrine Darmigny
  • Anthony Devaux
    PhD Student

    2019-2022 PhD Student in Biostatistics, University of Bordeaux, FRANCE

    • Title : Dynamic modelling and prediction of health events from multivariate longitudinal data
    • Supervisors : Cécile Proust-Lima (Biostatistics Team) and Robin Genuer (SISTM Team)

    2017-2019 MSc in Biostatistics and Public Health, University of Bordeaux, FRANCE

     

     

  • Bénédicte Driollet
    PhD student Epidemiology, Bordeaux Population Health Research Center, LEHA team, INSERM U1219

    EXPERIENCE

    • Sep 2017 – Today : PhD Student, Public Health, Epidemiology surpervised by J. Harambat and K. Leffondré (LEHA team) – Bordeaux Population Health Research Center – INSERM U1219
    • Feb – Aug 2017 : Final year trainee in Epidemiology and Biostatistics (LEHA team) – Bordeaux Population Health Research Center – INSERM U1219
    • Apr – Jun 2016 : Trainee in Epidemiology (Infection Group) – School of Medecine, University of St Andrews, Scotland

    EDUCATION

    • 2015 – 2017 : Master’s degree in Public Health and Epidemiology, Institute of Public Health Epidemiology and Development (ISPED) – University of Bordeaux 
    • 2013 – 2015 : Bachelor’s degree in Applied mathematics in social sciences, major in cognitive sciences- University of Bordeaux
    • 2011-2013 : First year of medical studies – University of Bordeaux
    • 2011 : Baccalauréat in science with honors – Saint Louis Villa Pia High School, Bayonne
  • Helene Jacqmin-Gadda
    Directrice de l’équipe Biostatistique

    University Bordeaux II           HDR                           2002               Biostatistics/Public Health

    University Paris VII                PhD                            1994                Biostatistics

    University Paris VII                Master 2                     1990               Biomathematics

  • Pierre Joly
    Maître de Conférences
  • Quentin Le Coënt
    Doctorant

    Depuis octobre 2019 : Doctorat en biostatistiques, Université de Bordeaux

    • “Développement de méthodes pour la validation de critères
      de substitution : comparaison des approches causales et non
      causales pour des données de méta-analyses”
    • Sous la direction de Virginie Rondeau (INSERM, U1219) et Catherine Legrand (UCLouvain)

    2018-2019 : Ingénieur biostatisticien, Institut Curie

    2018 : M2 Biostatistiques, ISUP-UPMC

    2018 : M2 Statistiques, UPMC

     

  • Karen Leffondre
    Associate Professor (Maître de Conférences)

    Education (main degrees)

    • 1994: BSc equivalent in Statistics and Econometrics, Vannes Institute of Technology and Rennes 1 University

    • 1996: MSc in Public Health (Biostatistics stream), Paris-Sud University.

    • 1999: PhD in Biostatistics, Paris-Sud University // Inserm U1018 (Biostatistics team).

    • 2014: Habilitation (HDR, French degree of accreditation to supervise PhD students), University of Bordeaux.

    Appointments (main affiliations)

    • 1999-2003: Post-doc, McGill University (Dep. of Epidemiology and Biostatistics) // Research Centre of the MUHC (Division of Clinical Epidemiology).

    • 2003-2008: Assistant Professor, University of Montreal (Dep.of Social and Preventive Medicine) // Research Centre of the CHUM (Risks to Health Axis).

    • 2008-present: Associate Professor (“Maître de conférences”), University of Bordeaux (Bordeaux School of Public Health, ISPED) // Inserm UMR 1219 (Biostatistics team).

    Current awards and recognitions

    • 2013-2017: Scientific excellence award (“PES”), Bordeaux Segalen University (with external reviewers from mathematics sections).

    • 2015: Promotion to the rank of “Maître de conférences hors classe”, French National Board of Universities (CNU), section 26 (Applied mathematics and applications of mathematics).

    • 2015: Qualification to apply for a full Professor position (“Qualification aux fonctions de professeur des universités”), CNU section 26.

    • 2017-2021: Award for doctoral research supervision (“PEDR”), CNU section 26
  • Emilie Leveque
    Doctorante

    Parcours:

    • Depuis Janvier 2015: Doctorat en Santé Publique option Biostatistique

          “Évaluation de modèles statistiques pour étudier l’impact des
           expositions prolongées environnementales/professionnelles  sur le risque de cancer”

    • Novembre 2013-Décembre 2015: Ingénieure Biostatisticienne dans l’équipe Biostat
    • Avril 2013-Octobre 2013: Stage ingénieur dirigé par Virginie Rondeau: “La pollution influence-t-elle les sorties SMUR pour pathologies cardio-vasculaires ?”
    • 2008-2013 : INSA Rouen , Spécialité : Génie Mathématiques

     

  • Viviane Philipps
    Ingénieure d’étude
    Viviane.Philipps@u-bordeaux.fr

    Parcours

    Depuis 2012 Ingénieure d’étude, biostatisticienne – Centre INSERM Bordeaux Population Health, Équipe Biostatistique.

    2012 Master de Mathématiques Appliquées, Spécialité Statistique – Université de Strasbourg.

  • Mathilde Prezelin-Reydit
    MD PhD student
    Néphrologue, AURAD Aquitaine, CH de Bergerac
    Coordinatrice régionale du Réseau Epidémiologique et d’Information en Néphrologie en Aquitaine

    Depuis nov 2017    Doctorat de Santé Publique, Mention Epidémiologie. Impact des anomalies métaboliques (acidose métabolique, hyperphosphatémie, hyperuricémie) sur la progression de la maladie rénale chronique dans la cohorte CKD-REIN

    2016                          DES de Néphrologie, Faculté de Médecine, Université de Bordeaux. Thèse de médecine, Université de Bordeaux, « Etude multicentrique, française comparant les       résultats à long terme de la transplantation rénale selon l’adhérence des patients aux immunosuppresseurs mesurée de façon prospective et répétée », Mention Très Honorable, Pr Lionel COUZI

    2015                          Master 2 de Santé Publique, Mention Epidémiologie, ISPED, Université de Bordeaux . Mémoire de DES et de Master 2, Université de Bordeaux, Equipe Biostatistique, INSERM U1219, «  La greffe préemptive en France », Dr Karen LEFFONDRE, Dr Jérôme HARAMBAT

    2011                           Deuxième cycle des études médicales, Faculté de Médecine, Université d’Angers

  • Cécile Proust-Lima
    Senior researcher in Biostatistics

    Education

    2014 HDR (Habilitation to conduct research), Univ. Bordeaux, France.
    2006 PhD in Biostatistics, Univ. Bordeaux Segalen, France.
    2003 Master degree in Epidemiology and Public Health, ISPED, Univ. Bordeaux Segalen, France.
    2002 Master degree in Biostatistics, National School for Statistics and Information Analysis, ENSAI, Rennes, France.

     

  • Virginie Rondeau
    Directeur de Recherche INSERM
    PhD in Biostatistics

    Parcours

    2008, HDR (Hability to conduct Research), France.

    2001, Post-Doctorat at USC University, U.S.A.

    2000, PhD in Biostatistics (University of Bordeaux), France.

  • Denis Rustand
    Ph.D. student

    [2017 – 2020] : PhD in biostatistics (ISPED, Bordeaux).

    [2015 – 2017] : Master of statistical modeling and data science (UBS, Vannes).

     

    Thesis : Joint models development for therapeutic choice evaluation in advanced cancer.

    Thesis supervisors :

    • Virginie Rondeau, director of research in Biostatistics at the INSERM institute, ISPED, Bordeaux
    • Laurent Briollais, senior investigator (biostatistician and statistical geneticist), Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute, Toronto

     

    Contact : denis.rustand@u-bordeaux.fr // denis@rustand.fr

  • Tiphaine SAULNIER
    Ingénieure d’étude, Biostatisticienne
  • Casimir Ledoux Sofeu
    Dr, Post doc
    - Post doct in biostatistics, INSERM U1219 (Biostatistics team), University of Bordeaux, France, since december 2019. 
    - PhD in biostatistics, University of Bordeaux, France, 2016-2019. Supervisor: Virginie Rondeau
    - Master degree in Public health, specialty "Méthodes Quantitatives et Econométriques pour la Recherche en Santé", Aix-Marseille University, France, 20114-2016
    - Data manager at the Department of Epidemiology and Public health, Centre Pasteur du Cameroun, 2011-2016
    - Master degree in Computer science, University of yaounde I, Cameroon,  2008-2011
    - Bachelor's Degree in Mathematics and Computer Science, Specialty Basic Computer Science, University of Dschang , Cameroon,2005-2008
    - Baccalauréat C, Mathematics and Physical Sciences, Bamendjou High School, Cameroon, 2005
  • Maude Wagner
    PhD Student

    Education

    2016-19 PhD Student in Biostatistics, University of Bordeaux, France

    Thesis title: Modeling of lifestyle trajectories and dynamic relationships with biomarkers of the pathological cascade of Alzheimer’s disease

    SupervisorsCécile Proust-Lima – Biostatistics team, Inserm U1219, Bordeaux

                         Cécilia Samieri – Lifelong Exposures, Health and Aging (LEHA) team, Inserm U1219, Bordeaux

     2014-16 Master’s degree in Biostatistics and Public Health, ISPED, University of Bordeaux, France

    › 2011-14 License of Mathematics Applied to Social Sciences, University of Bordeaux, France

     

     

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